星系

星系的Web应用程序是支持数据分析和研究发现,一个集成的信息学解决方案。它是初级,中级和高级情报用户或研究人员都非常有用。

技术/软件需要:

  • 星系是可以从任何Web浏览器来使用基于Web的应用程序。 

  • 世界范围内的星系社会创造了学习,使用和改进星系维基: //wiki.galaxyproject.org/learn

  • 微星咨询人员期间,许多可在发现NGS数据分析教程使用的星系平台 教程 本网站的部分。 

  • 有星系的几个实例列世界第一。微星承载它自己的实例,它是唯一由MSI用户访问。它可能不完全一样星系的其他情况下你可能有经验和没有独立的星系情况下互相交流。 

利用星系在MSI

登录和访问

  • 浏览您的浏览器 //星系.msi.umn.edu/
  • 当系统提示登录使用MSI的用户名和密码。 

  • 一些用户可能在一个以上的MSI基。如果是的话,你将不得不选择哪个组帐户将生效这个星系会议期间。在单独的MSI集团发起的会话不会互相沟通,他们将采取行动,就好像他们是一个完全独立的用户。 最微星的用户是一个MSI小组。 

如何让bmgc测序数据到星系

  • 当bmgc完成您的测序运行,您将收到来自中心的电子邮件。这封电子邮件转发给 help@msi.umn.edu.
  • 帮助车票自动创建并发送到MSI服务台。
  • 那么我们将测序文件链接到一个数据库,到组访问。
  • 您将收到一封电子邮件,通知您,您的数据准备在星系中。

访问排序文件:

  • Large data sets, such as sequencing files, are stored in 星系’s Shared Data -> Data Libraries section.

Screen Shot 2015-05-22 at 9.57.13 AM.png

  • 选择在电子邮件中引用的数据资料库(这通常是或者包括中,PI姓和名)。
  • 选择您要分析的序列文件。
  • 确保“所选的数据集:”下拉菜单设置为“导入到当前的历史”。
  • 点击去。

Screen Shot 2015-05-22 at 10.02.23 AM.png

  • 序列文件现在可用于星系内分析。

如何获取其他数据,进入星系

小档案 (< 2GB) 可以从您的个人计算机星系从银河系应用程序中上传。

  • From the left-pane tools menu select Get Data -> Upload File
  • 从对话框中,选择您的本地存储的文件(S)
  • 单击开始
  • 一旦所有的进度条走完全绿色的,你可以点击关闭

Screen Shot 2015-05-22 at 10.08.55 AM.png

  • 星系将启动作业上传本地文件。这项工作可能不会立即完成。一旦上传完成后,您将能够使用该文件与星系。

大文件 (> 2GB) must be added to a data library, to get data added to a data library:

  • 将数据移动到您的组的星系目录。该文件可以是松散的文件或目录的星系下一个文件夹中。你的团队的星系目录位于/家//星系
  • 确保数据的非压缩(压缩)之前它被链接到的星系。 
  • 电子邮件在MSI help@msi.umn.edu 要求将文件添加到一个星系的数据资料库。提供的目录或者是链接到星系在电子邮件中的文件的名称。 
  • 如果你不知道如何将数据移动到您的组MSI星系目录或如何解压缩文件,你可以给MSI的工作人员无权这样做。 

如何获得新的基因加入到星系

许多星系工具需要FASTA格式的基因组数据或注释文件。许多基因组的文件是在工具接口可用,但如果你是用一种罕见的生物星系的工作可能没有你需要的文件。大多数工具也给选择从活动的历史上的一个基因组或注释文件的选项。在获取数据的标题星系的工具,让你直接下载注释数据到活动星系的历史,或者如果你有一个外部文件,则可以使用上述选项解释总是添加到您的星系会话。也有适用于包含FASTA基因组和批注文件的某些生物的所有星系的用户一些参考数据库。 

如果你相信会有许多团体谁也不必访问特定的基因组,你可以请求基因组中获益通过电子邮件被添加到星系 help@msi.umn.edu请在电子邮件包含一个链接,在那里可以下载的基因组信息。一旦基因组是星系内可用,您会收到一封确认邮件,如何进入基因组的详细信息。

如何申请一个新的工具添加到星系

微星星系安装已安装了许多可供您使用的工具。但是,我们可以通过添加新的工具,Web应用程序扩展星系的实用性。

请打开帮助台票在 help@msu.umn.edu 与工具的细节。

如何删除从星系多年的历史及数据

在历史记录中删除特定元素

在一个有源历史中的每个元件具有通过选择旁边的历史元素的名称的x图标被删除的能力。 

删除当前历史

在历史窗格的右上角的齿轮图标下有一个“永久删除“选项。你应该总是使用删除永久和 删除选项,删除选项将文件移动到回收站,并不会降低你utlizing数据存储量。

所有历史的列表中删除

用户在页面的顶部的蓝色栏标题下是保存历史记录的选项。选择这将带您到列出每次你自己的历史页面。选择旁边的每个历史的复选框要删除,然后选择“永久删除“在页面底部的删除选中的历史。